The most helpful codes (2 lines) in SPM

May 14th, 2012

While discussing data analysis with a coworker today, I Jokingly said my experience on brain imaging can be condensed into two lines of code:

V = spm_vol('filename.img');
M = spm_read_vols(V);

This two lines of code is to read data from an image file. After this, you can do any fancy data analysis you want.

Also see http://www.alivelearn.net/?p=1176

Author: Xu Cui Categories: brain Tags:

Sex vs Gender

April 16th, 2012

We had an interesting discussion on the difference between sex and gender. According to Allan, sex refers to the biological difference (chromosomes contain Y), while gender refers to how a person thinks of himself/herself. So when a person believes he is a woman trapped in a man’s body, his gender is “female” and sex is “male”.

Author: Xu Cui Categories: life Tags:

Learn Peaya Paper in 5 minutes!

March 24th, 2012
Author: Xu Cui Categories: peaya Tags:

Days of fear

March 14th, 2012

Great post by Liz Elcoate. The following diagram by her describes my situation very well.

No work + No money = Inertia + Paralysing fear + Panic = NIL productivity

Author: Xu Cui Categories: life Tags:

SixthSense

March 14th, 2012

Author: Xu Cui Categories: technology Tags:

Games used in human brain research [3]

January 19th, 2012

Go-Nogo game

This game is fairly simple, but it’s very hard to get all correct. A subject sits in front of a computer. In the “go” block, a series of letters will appear one after another in the center of the screen. The subject has to press a button following each letter. The “nogo” block is almost identical to the “go” block except that letter “X” will randomly appear. The subject is instructed not to press any button when he sees “X”. Go and Nogo block usually happens  alternately, and each block lasts ~20s.

This game is usually used to elicit human brain’s “executive control” or “response inhibition” network activity. Controlling and inhibiting actions are important cognitive abilities that allow us to function successfully in a changing and complex environment [1]. For example, when you see a red light you need to stop. While most people are capable of proper response inhibition, some psychiatric disorders impair such ability, including Pediatric bipolar disorder, Fragile X syndrome, Turner syndrome, etc. For this reason, the go-nogo game is very commonly used in the studies of psychiatric disorders and their brain correlation. In the past 10 years, the number of publications (indexed in PubMed) mentioning go-nogo experiment is rapidly increasing (figure below).

Number of publications mentioning go/nogo experiment

Number of publications mentioning go/nogo experiment

[1] http://www.peaya.com/paper/showPaper.php?id=266966&displayKey=nRKbfychKj&ref=cuixu&needlogin=1

Author: Xu Cui Categories: brain Tags:

[share] An inspirational video: if you never failed, you never lived

January 15th, 2012

Author: Xu Cui Categories: life Tags:

我的三次高考

January 13th, 2012
十六岁的花,只开一季。但是朋友,只要你拥有过十六岁,
你就拥有过一份和太阳一样滚烫,一样血红的青春。
(来自《十六岁的花季》)

1994年,我16岁,高二。因为成绩好,学校决定让我和广杰(他一直是全校第一)一块进入高三八班,准备当年的高考。我也从原来的宿舍搬了出来,住进了广杰住的小宿舍。七月七八九三天,我化名鹏飞参加高考,出乎意料,竟然考了全县第四,分数760(标准分,满分900)。我,家人和老师都很兴奋。我当时身体不好。准备高考时的很长一段时间都没有什么食欲。报志愿的时候我感冒在养病,不在学校。老师可能给我报了清华,没考上(当时的清华的分数线大概780吧)。我自己也没重视,没想这年要上大学。广杰考得也好,不过也没选择上大学。

于是我回到原来的班级,重新上一年高三。经过一年的辛勤努力,做过的试卷可能一麻袋都装不完,我又上战场了。结果考了740分,还不如高二那年。而广杰以880分考了郑州第一名,后来被清华录取。当时非常郁闷和失望,报志愿的时候更是犹豫不决。第一志愿报了复旦,但是心里非常没有把握,最后就在提前录取栏里报了某军医大学,心想算是有个保险吧。结果我就被军医大学录取了,也不知道自己的分数线够不够复旦。

1995年秋天,我爸爸和我一起坐上火车,来到军医大学报道。这是我第一次走出河南。军校对农村的同学很有吸引力,因为学费和生活费都是免的。报道那天–到现在我都不是很清楚怎么回事–报到处要收取几百块钱的费用。当时记得我爸问了一句,不是说军校不用交钱吗?一个女军官,好像是团长助理吧,嘟囔着说,地方学校收费更高呢。这个简单的对白,我现在都不能忘记。或许这是在我后来做决定时的诸多因素里的一个吧。我穿上军装,辅导员把我们领到宿舍里。爸爸在附近旅馆住了几天回去了。

新生活开始了。我分在二大队一中队七班。班里有六七个人吧。一开始是三个月的军训。现在回想起来,还是蛮有意思的。被褥要叠得像豆腐块一样,每个角都必须是直角。我相当一段时间是花在抠这个直角上。室内不能有一丝灰尘,因此地板、床架等都要擦得干干净净。白天军训踢正步很多,要保持腿直。有时候还要匍匐前进。后来还练了射击,真枪实弹。吃饭排队进入食堂,还要先唱歌,更准确地说应该是吼歌。进去之后也不能立刻坐下,要听命令一起坐下。

在阵阵的口号声和军歌声中,我却一直在想,我是不是应该退学。我属于这里吗?我喜欢这里吗?高中时候的朋友,他们在地方大学怎么样呢?退学后再参加一年高考,我能考到什么大学呢?我思前顾后、忐忑不安。我渴望有人可以给我保证明年我会考得更好。没有人,也不可能有人知道未来。我期望有人可以给我一个答案,替我做这个决定。心里一直在挣扎,一直在反复。有时候咬咬牙想定,退了,立刻又害怕起来,明年考不好怎么办,还不如军医大学怎么办,甚至连大学都考不上怎么办?

于是我想到了一个万全齐美的办法。我可以继续在军校上着,但同时还温习高中功课,然后到明年高考的时候,借故回去高考。考好了,我就从这边退学,上新学校;考不好,我就继续上军校。事后回想,我非常庆幸没有这么做。这个看似巧妙的、可以给自己留个后路的办法的最终结局一定是我继续留在军校。第一,准备高考需要全身心,大学上课也要全心,我不可能两边都照顾到。我有个同学就是这样做的,第二年没考好。第二,军校的学生是军人,无故退学是要处分的。

这个想法并没有持续多久,因为从我内心深处感觉,我不属于这里。因此我还是继续挣扎、继续忐忑、继续害怕。后来我发现,当一个人的心和脑不一致的时候,总会出现这种情况。我不敢和指导员他们说,怕他们知道了把我开除了。后来终于和班长(高年级研究生)谈了谈,他说了一些留下来的理由,我觉得有道理,就准备留下来了。可是第二天马上就反复了。就这样反复、权衡、挣扎持续着。

我爸的一封信改变了现状。他说与其这样,还不如退了算了。于是一刹那我决定了。退!指导员、队长和我谈话了,另外一个班的班长直脾气骂我,这样一个照着灯笼都找不到的好学校都不上,太傻了。不过我心意已决。过了几天,我爸来到学校接我。我把军装脱下,换上老百姓的服装,和我爸坐火车回家。三个月前,我们就是这样坐着火车来报道的。

这一次,我把自己交给命运。只是不曾想,若干年后,我需要再次把自己交给命运,把自己推向一个完全未知的未来。

又回到高三,又开始高中生活。已经不止一次听到有人骂我神经病了。每到傍晚,我就跑到学校后面的山上,爬爬山,锻炼锻炼身体。在太阳快落山的时候,是我心情最抑郁的时候,十几年后到现在我还这样。有时候我很害怕,不知道未来会怎么样;有时候我想,当年高中的同学现在在大学过得怎么样?不过忙碌的高三没有给我太多多愁善感的机会,一年很快就过去了。

1996年7月7日,那天是个好天气,我第三次踏入高考考场。似乎一切迹象都预示着这会是一个好的结果:我的考场和座位是8场8号,我的准考证的后三位是我的生日。几十天之后当我在二叔家的时候,爸爸来了,对我说,我已经知道你的分数了。我心跳加快,看着他。他说你猜。我说700多分,他说800多你愿意不愿意?我高兴了,说愿意。他接着说,900分你愿意不愿意?我说愿意。他说,就是900分。我爸解释说,他怕我像范进一样听到中举后成为疯子。于是,我就很幸运地以河南省第一名进入了北大。

Author: Xu Cui Categories: life Tags:

我的初中生活 [2]

January 12th, 2012

早读之后就是早饭了。北方的习惯,早上馍菜汤(馒头、菜、稀粥),中午面条,晚上又馍菜汤。早上既要买粥,又要买菜和馒头,一个人肯定是忙不来的。同学自发地形成饭伙,就是一块打饭吃饭。记得开始和福林合过一段时间,后来又和尚伟峰王浩杰合过。 这个“饭伙”一般还是比较固定的,一般是比较和得来的朋友,如果散伙的话有点像离婚一样,搞得不愉快。学校有一个食堂,在西北角。左边两个窗口卖馒头,中间几个稀粥,大多是玉米粥,右边几个卖菜,好像冬瓜白菜居多。打饭时几个人分工。印象很深的是粥这条队特别长。有一次我刚从寝室拿过碗就发现队竟然排到了寝室门口,而食堂在200米外。

当时买饭用粮票和菜票。粮票单位是“两”,一个馒头二两,一碗粥一两。菜票单位是角,一碗菜大概是二角吧,现在记得不是很清楚了。粮票可以用面来换,也可以钱买,菜票要用钱买。大部分同学为了省钱,在周日下午返校的时候会带上家里准备的菜,用瓶子装着。一般是咸菜,有时候会是炒的菜。记得一次伟峰带了变蛋(松花蛋),我们馋得不得了,星期一就吃完了。鸡蛋是奢侈品,有一次我偶尔听到体育老师的老婆说他们每天都吃鸡蛋,我着实羡慕了很长时间。浩杰有次带了咸菜,不大好吃,结果一星期都没吃完。说到带菜,有次我带的菜在书包里倒了,菜水把我的入团申请书泡了。晒干交上去的时候还有一股菜味。

饭伙们各自打了饭菜后就聚在一起吃。食堂里没有饭桌凳子,大家就在食堂外面的空地上围成一圈蹲着吃,有时也会在寝室外面的空地上吃。冬天冷的时候就在寝室里面,把被褥卷开在床上吃。边吃边聊,也非常有乐趣。记忆深刻的是一个老头,原来好像参过军。他每到吃饭的时候,就挑了许多小桶,放在寝室外面的树下面。大家吃不完的东西就倒在他的桶里面。他可能是用这些剩饭喂猪吧。他会打军体拳。小朋友不懂事,有时候为了找乐就对他说,你打一套拳就把这个馒头扔到你的桶里。于是他就开始打拳,大家笑笑,那个倡议者就把馒头扔到桶里。我不记得他笑过,任何时候,包括打拳的时候,都是没有表情。二十年过去了,不知道他现在怎么样。

初中毕业合影

初中毕业合影

待续 。。。

Author: Xu Cui Categories: life Tags:

我的初中生活 [1]

January 9th, 2012

【2012年是我初中毕业20周年。此文纪念我快乐单纯的初中三年】

1989年,我11岁。 那一年的秋天我爸爸骑着自行车驮着我和我的被褥行李,来到密县曲梁乡三初中报道。这是我们乡当时唯一的重点初中,是我向往的学校。三初中是寄宿学校,大家平时学习、吃饭睡觉都在学校里面,周末的时候回家一次。我的家在十来里地外的一个普通的村子。这是我第一次真正意义离开家人,开始比较自立的生活。只是没有想到,从此和家人相处的时间便很少了。高中时每个月回家一次,大学每半年回家一次,到了美国10年也只回家了两次。这是后话了。

农村中学的生活单纯又有规律。早上5点多天还黑的时候,我们就起床。宿舍是教室改装的,40来个男生生活在一个房间里。床是通铺,每个人占的宽度大概也就是半米吧。后来当我看到高中的床铺是上下床的时候我很是羡慕。每个人都有自己的脸盆,一般是塑料的。毛巾每个人应该是有的,只是后来有的人丢了就用用朋友的毛巾。因此有段时间得眼疾(我们说害眼)的人很多。记得有段时间我就用好朋友姜福林的毛巾。到冬天的时候,天非常冷,学校同情大家,让每个宿舍在起床铃响之前从食堂取一桶热水。因此冬天宿舍每天会有两个值日去抬水,回来之后分给大家,那时大家都起床了,把脸盆放在路边等待着他们。从起床到进教室,现在想起来也可能就是10分20分钟的时间。

冬天的时候,宿舍里还会有尿桶。这可能是生活在城市的同学没有办法想象的东西。宿舍距离厕所较远,因此每个宿舍会有另外一个桶,和热水桶一样是暗红颜色的,放在寝室中央。半夜谁撒尿就尿在尿桶里。于是第二天老是发现尿桶满满的,周围的地上还湿一片。冬天那一片地没有干过。早上除了两个打开水的值日外,还有两个倒尿桶的值日。他们负责把尿桶抬到厕所倒掉。当然,按规定是不能在里边大便的。女生宿舍是不是有尿桶我现在还不知道。

寝室有寝室长副寝室长,也是同学,负责监督大家的作息。那个时候管理很严,熄灯后是不能说话的。学校里有值周,轮流到宿舍看,看是不是有人不睡觉,发现就扣这个班的分数。哪怕扣一分都是非常严厉的事情,就会在第二天的读报时间批评。因此我们都非常遵守纪律,熄灯后就睡。早上他们负责叫醒我们。当时班主任郭老师要求严格,规定起床铃响的时候不是起床的时间,而是到教室的时间。因此寝室长要负责提前叫醒我们。

到教室,就开始一天的早读了。我们应该是先跑操后晨读,不过刚才说了,我们起床铃的时候就到了教室,因此大家在出操铃响之前还有一段读书时间。班里的学生有八九十个,后来听说城市里的班规定不能超过40个,真是觉得不可思议。同学绝大部分和我一样,都是农村的。但因为我们学校有些名气,还有几个从县城来的学生。除了几个家境稍好之外,大家家里都比较穷。大家都穷了,也无所谓了,基本没有攀比的。

早上有两节早读,一节英语,一节语文。当时班主任郭老师教英语,很严格,要求背所有的课文。谁会背了就到他面前背。于是经常的情景是,郭老师在讲台上,旁边有两个学生屋里哇啦地背。如果我当然把自己的英语录下来现在听的话,肯定会大笑,那肯定是十足的中式英语。不过当时大家只重视书面考试,口语听力无所谓了。我记得当时还是很紧张的,因为要背这么多课文还是要费些力气。班里有两个英语尖子,周建营和袁红伟,背得快,考试又好。

初中同学一起去邙山的留影

初中同学一起去邙山的留影

待续。。。

Author: Xu Cui Categories: life Tags: